Kết quả của chiến tranh Ōnin là Mạc phủ Ashikaga bị suy yếu; về mặt triều chính dòng họ Hosokawa nắm được địa vị then chốt làm "Kanrei" (管領; âm Hán Việt: Quản lãnh), quyết đoán mọi việc còn Shogun Ashikaga chỉ làm vì trong khi Hosokawa điều hành ở hậu trường. Khi Yoshitane con của Yoshimi lên ngôi Shogun năm 1490, Hosokawa làm áp lực khiến Yoshitane phải rút lui năm 1493. Ashikaga Yoshizumi được lập làm Shogun còn Yoshitane phải tìm về Yamaguchi, nương náu với dòng họ Ōuchi, một trọng tộc dòng võ tướng.

Năm 1507 Kanrei Hosokawa Masamoto bị ám sát, Shogun Yoshizumi phải bỏ kinh thành Kyoto, mở đường cho Yoshitane về kinh. Nhờ vào lực lượng họ Ōuchi mà Yoshitane chiếm lại ngôi Shogun. Việc triều chính sau đó lại càng rối loạn. Họ Hosokawa chia thành hai phe do hai anh em Takakuni và Sumimoto cầm đầu, tranh nhau chức Kanrei. Sumitomo vì trông cậy vào đám chư hầu cũng rơi vào tình trạng bị phe phái lôi kéo, xúi giục, nên không tự quyết được quốc sự. Chiến tranh Onin với mục đích định đoạn ngôi thứ Shogun tuy đã kết thúc nhưng giao tranh thời Chiến quốc tiếp tục khi các bè phái tranh giành chức Kanrei.

Gia tộc Hosokawa kiểm soát Mạc phủ cho đến năm 1558 thì bị gia đình chư hầu gia tộc Miyoshi phản bội. Nhóm Ōuchi hùng mạnh cũng bị một chư hầu Mōri Motonari tiêu diệt năm 1551. Khi kết thúc thời kỳ Chiến Quốc thì trong số hàng trăm Daimyo lãnh chúa khắp nước Nhật, nay chỉ còn hơn một chục tồn tại. Hậu quả đáng kể nhất của chiến tranh Onin là cuộc nội chiến không ngừng khắp các trấn. Các vọng tộc như Hosokawa và Ouchi ra sức tiêu diệt nhau để cuối cùng Ouchi phải xiêu tán.

Các lãnh chúa daimyo đã phải trả một giá rất đắt trong suốt một thế kỷ giao tranh, làm hao thiệt đất nước. Rút cuộc ba nhân vật vĩ đại xuất hiện để thống nhất Nhật Bản, bắt đầu là Oda Nobunaga, người đã dẹp tan những lực lượng cát cứ từng nhóm một để thống nhất về một mối.